對于日本農村土地制度改革帶來的問題，我們首先來看農民土地所有和城市化的矛盾解決。

在經濟高速增長的20世紀60年代，日本出現了城市人口激增而導致的住房緊張的局面。當時歐盟的訪日考察團的報告形容日本城市的居住條件惡劣，稱日本人都居住在“兔子籠”里。城市住宅建設和農民土地私有發生了沖突。為了適應城市化發展，解決城市居民的住宅難問題，日本政府于1968年制定了《城市規劃法》，把全國城市及其周邊農村地區劃分為四個區域（城市建設區，農地調整區，農地保留區，農地保護區），重點通過統一“劃線”的辦法，把31萬公頃的農地劃入新建城區內，計劃用10年時間，把這些農地變為住宅。為了推動農地建住宅，政府制定法律規定被劃入新建城區范圍的農地一律按住宅用地課稅，而不是僅課農業土地稅，這使得城市建設區內的農民除了想盡一切辦法賣地外，還認為繼續經營農業將很不劃算。這一法律措施大大推動了郊區住宅建設的發展，順利地解決了日本城市的大規模住宅需求。同時也使得大量郊區農民通過出售土地成為了一夜暴富的房地產業主。許多城市農業調查資料表明，目前都市郊區三分之一的農民家庭，其主要收入來自于不動產（如房屋、停車場等）的經營。甚至由于農林省的計算失誤，1968年劃入新建城區的31萬公頃農地，至1979年，10年間實際只用到了9萬公頃，剩余了22萬公頃。這22萬公頃的剩余農地處在建成的城區住宅包圍之中，成為了孤島狀農地 。于是在保護農業的旗幟下，剩地農民還不得不興起了一場要求廢除新建城區內農地的住宅地課稅以繼續維持農業經營的“都市農業”運動，使都市農業一詞再次流行。

我們再來看農民土地所有和農業經營規模矛盾的解決。

戰后初期的第二次農村土地制度改革，消滅了地主和佃農，基本建立了農戶農地平均一公頃左右的日本小規模農業經營模式。和歐美動輒上千公頃的大規模農場經營相比，日本的小農體制雖然適應日本的水田農業和山地農業，并在初期很好地解放了農民的生產積極性，解決了糧食短缺問題，但卻缺乏國際競爭能力，商品化率不高。進入高速經濟增長初期即出現了農民貧困問題。20世紀60年代初，日本政府及時制定了《農業基本法》，確立了實現農工同酬的社會目標，主要的手段就是促使小農退出農業，扶持僅靠規模經營就能自立的家庭農場。但是這一目標到80年代也未能實現，日本完全靠農業自立的農戶僅占全體農戶的12%左右，80%的農民依然是1公頃左右的小規模經營。農民不愿放棄農業的原因，除了對土地私有的傳統觀念依戀外，主要在于農民離開農業所能進入的其他行業主要是中小企業，其收入不足以使他們完全放棄農業，同時日本的水田農業和山地地形初期缺乏合適的農業機械，很難大規模經營。于是，日本政府并沒有通過強制手段促進大農兼并小農，而是另辟蹊徑，通過其他形式實現農業的規模經營。這主要是通過發展農業協會的農業共同經營制度。日本在1947年就制定了《農協法》，推動農民100%地加入了協會。通過一系列的政府扶持政策，農協以村為基本單位，逐步實現了農業的統一經營。這不僅包括統一作物品種、統一種子培育、統一種植技術，還包括統一收獲和統一銷售等。這樣，原本以戶為單位的家庭經營，在農協的組織下，就變成了以村為單位的集體經營，生產規模從每戶一公頃左右擴大到了一村范圍的數百和上千公頃的規模，匹敵了歐美的家庭農場規模。通過農協在土地私有基礎上的變相規模經營的農業體系，在私有制下充滿了社會主義的合作元素，實是日本農村的一大創造。