1997年7月，東南亞國家爆發了金融危機。同年7月2日，泰國宣布放棄實行13年的固定匯率制，泰銖因此大幅度貶值，導致了其他國家貨幣的迅速貶值，從而引發了嚴重的金融危機。此次金融危機以貨幣、銀行、債務以及信用等危機交織并發為特征，并引發了某些國家的政局波動和社會動蕩。東南亞金融危機中斷了各國經濟持續高速增長的進程，此后經濟出現了急劇波動。1998年各國經濟普遍陷入嚴重衰退，1999年和2000年卻出現快速復蘇或強勁反彈，而到2001年多數國家經濟又急轉直下，甚至出現負增長。2002年以后，東南亞經濟逐漸呈現復蘇的態勢，泰國、印尼提前還清國際貨幣基金組織的貸款，各國經濟基本走出了金融危機的陰影。這一時期，東南亞國家積極實施國內經濟重組與調整。1997年金融危機爆發后，各國先是被迫采取經濟緊縮政策，到1998年9月起開始普遍轉向實施擴張性的宏觀經濟政策，促進國內經濟的復蘇；各國繼續實施傳統產業的技術升級，大力發展新興產業，并啟動一些大型基礎設施建設項目，以加快國內產業結構的調整與升級；各國政府加快了國內金融機構的重組，實施銀行金融機構的合并，積極處理不良金融資產。

2008年起，在國際金融危機的沖擊下，東南亞經濟普遍出現衰退或減速。全球金融市場的持續波動，使得東南亞的匯市和股市急劇下挫，外國資本大量撤離，印尼盾與美元的比值曾跌至三年來的新低，菲律賓比索匯率創下一年半來的新低，新元匯率也降至2007年以來的最低點，越南股市市值跌幅高達58%，新加坡下跌47.5%，馬來西亞也跌去約40%（IMF，2010）。隨著國際金融危機向實體經濟沖擊的擴展，金融危機對于高度外向型的東南亞經濟的影響逐漸顯現。各國出口貿易急劇下降，企業生產訂單減少，銀行信貸大幅緊縮，房地產市場陷入低迷，失業人數開始增加。2009年，文萊、柬埔寨、馬來西亞、新加坡和泰國經濟均出現負增長。為應對國際金融危機，東南亞國家實施了擴大內需和刺激經濟的政策，以穩定國內經濟。2010年，各國經濟相繼從衰退中復蘇，經濟增長加速，出口貿易回升，外資大量流入。在此次國際金融危機中，印尼是東南亞國家中受危機沖擊較小的國家之一。2010年，菲律賓的經濟增長率創下二十四年來的新高，新加坡的該年度經濟增長速度也是建國以來最快的一年。但是，國內經濟快速增長和大量熱錢流入，一些國家物價上升，貨幣升值，股票價格上漲，房地產迅速回升，資產泡沫逐漸形成。2011年，東南亞國家仍保持了經濟持續復蘇的態勢，但隨著下半年全球經濟形勢的動蕩，歐元區主權債務危機的蔓延，世界經濟增長趨于放緩，東南亞主要國家的經濟增長也呈現出減緩的跡象（王勤，2012）。

總之，近幾十年來，東南亞經歷了戰后初期的經濟恢復、20世紀60—70年代工業化發展、80年代中期至90年代中期經濟高速增長、后起國家的經濟開放與改革、90年代后期金融危機及其重組等幾個重要時期。當前，東南亞經濟已成為世界經濟增長的熱點地區，新加坡率先成為新興工業化國家，馬來西亞、泰國等已處于工業化的中期階段，后起國家仍處于工業化的初期階段。